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- SurfDock is a surface-informed diffusion generative model for reliable . . .
In a real-world application, SurfDock identified seven novel hit molecules in a virtual screening project targeting aldehyde dehydrogenase 1B1, a key enzyme in cellular metabolism This showcases
- GitHub - CAODH SurfDock: SurfDock is a Surface-Informed Diffusion . . .
This repository contains all code, instructions and model weights necessary to Generative Reliable and Accurate Protein-ligand Complex and Screen Compounds by SurfDock, eval SurfDock or to retrain a new model
- SurfDock—蛋白质-配体对接新工具 - 知乎 - 知乎专栏
SurfDock 是一种结合人工智能技术的新型蛋白质–配体对接方法。 它突破了传统方法的限制，通过整合蛋白质的序列、残基结构图和表面几何信息，为配体结合姿态的预测提供了更加全面和精准的描述。 SurfDock 的核心包括以下几个创新点： 蛋白质结合口袋的信息被分为三层：序列级别、残基图级别和表面级别。 尤其是表面信息的使用，提供了几何和化学特征的细致表示。 模型通过逐步去噪生成接近真实结合状态的配体姿态，能够模拟配体的平移、旋转和扭转自由度，精准再现动态分子相互作用。 该模块利用 晶体复合物数据 进行训练，对每个生成姿态进行评分，帮助研究人员快速筛选出最合理的结合状态。 SurfDock 提供了可选的能量最小化步骤，进一步提高了预测的物理合理性。 为什么 SurfDock 更出色？
- Surfdock Watersports - Online Surf Shop | Wetsuits, Surfboards, Dryrobes
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- 融合表面信息和等变扩散的分子对接模型 SurfDock - 评测-CSDN博客
SurfDock 是一个几何 扩散模型，蛋白质序列、三维结构图、以及表面结构等结构特征，采用的是非欧里几何的范式处理小分子的旋转、平移以及扭转。 SurfaceDock 以蛋白口袋作为条件，从 rdkit 生成的随机小分子构象开始，对平移、旋转、扭转进行去噪。 SurfaceDock 内置了一个打分模块（使用相同的表征层，但是读出层不同），对输出的 pose 进行置信度打分 SurfScore（包括，经过 不经过能量最小化。
- 2 Accurate Protein-ligand Complex Prediction - bioRxiv
SurfDock employs a generative 48 molecular translations, rotations, and torsions for reliable binding poses generation 51 all existing methods, excelling in both accuracy and adherence to physical constraints 53 of generated poses is further enhanced Importantly, SurfDock demonstrates excellent 55 state-of-the-art performance
- Nat. Methods | SurfDock：利用表面信息的扩散生成模型实现蛋白质-配体复合物结构精准预测
在这项工作中，研究团队提出了一种新型基于蛋白表面的几何扩散网络SurfDock，用于生成精准可靠的蛋白-配体复合物构象。 SurfDock从蛋白质口袋和随机配体构象开始进行扩散过程。 该模型将多种蛋白质信息（包括表面特征、残基结构特征和预训练序列特征）整合到表面节点的表示中，并配备了一个称为SurfScore的内部评分模块，通过对蛋白-配体复合物的训练来评估构象的置信度。 此外，SurfDock还整合了一个可选的基于力场的优化步骤，进一步提升了其性能。 这些创新设计使得SurfDock在多个基准测试中展现出优异的对接能力，其生成构象的合理性显著超越了现有的深度学习方法。 值得注意的是，SurfDock能够有效地适应新的蛋白质、口袋和空（apo）结构，即使在处理高度柔性的配体时也表现出色。
- SurfDock is a surface-informed diffusion generative model for reliable . . .
We introduce SurfDock, a deep-learning method that addresses this challenge by integrating protein sequence, three-dimensional structural graphs and surface-level features into an equivariant architecture
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